Các tác dụng bất lợi của androstanolone tương tự như các AAS khác và bao gồm các tác dụng phụ androgen như da dầu, mụn trứng cá, bã nhờn, tăng sự phát triển của tóc trên khuôn mặt/cơ thể, rụng tóc da đầu, và tăng sự hung hăng và ham muốn tình dục.[23][24] Ở phụ nữ, androstanolone có thể gây ra nam tính hóa một phần không thể đảo ngược, ví dụ như làm sâu giọng nói, hirsutism, clitoromegaly, teo vú và phì đại cơ bắp, cũng như rối loạn kinh nguyệt và vô sinh có thể đảo ngược.[23][24] Ở nam giới, thuốc cũng có thể gây ra suy sinh dục, teo tinh hoàn và vô sinh có thể đảo ngược ở liều đủ cao.[23][24]

Androstanolone có thể có tác dụng phụ trên hệ thống tim mạch, đặc biệt là sử dụng lâu dài với liều lượng cao.[23] AAS như androstanolone kích thích tạo hồng cầu (tế bào máu đỏ sản xuất) và tăng hematocrit cấp và ở liều lượng cao có thể gây ra đa hồng cầu (sản xuất quá mức của các tế bào máu đỏ), có thể làm tăng đáng kể nguy cơ thrombic sự kiện như tắc mạch và đột quỵ.[23] Không giống như nhiều AAS khác, androstanolone không được aroma hóa và không có nguy cơ tác dụng phụ estrogen như gynecomastia, giữ nước hoặc phù.[23][24] Ngoài ra, vì nó không phải là AAS được kiềm hóa 17α và được tiêm tĩnh mạch, androstanolone không có nguy cơ nhiễm độc gan.[23][24]